一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！　　与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……...

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命...

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　　西佳敬（北野武饰）是一名警察，几年前女儿不幸死去，现在妻子（岸本加世子饰）患白血病已到晚期。好意让他去探望妻子的搭档堀部（大杉涟饰），则在任务中严重受伤，导致下半身瘫痪，与轮椅为伴。后来西在一次逮捕行动中处理失当，又导致后辈田中（芦川诚饰）丧生。引咎辞职的他，想着供养田中的寡妻（大家由佑子饰），接近并安慰老友堀部，黑社会紧追着他索讨利息，这一切都令西感到不堪重负。他决定铤而走险，做件冒险的事情...